Voici quelques outils gratuits spécialisés dans la conversion vidéo :

Shutter Encoder : Excellent outil disponible en français et en anglais et entièrement gratuit distribué sous licence GNU GPL. Il est disponible pour Windows et Mac. Le créateur propose une version portable mais uniquement pour Windows. Plus qu’un simple outil de conversion vidéo il se présente comme un couteau suisse permettant de nombreuses fonctions :

Liste des fonctions

 Sans conversion :
Coupe sans compression, Réencapsulage, Conformer, Inserts vidéo, Bout à Bout, Remplacer l’audio, Sous-Titrage
 Conversions sonores :
WAV, AIFF, MP3, AAC, AC3, OGG
 Codecs de montage :
DNxHD, DNxHR, Apple ProRes, QT Animation, Uncompressed YUV
 Codecs de sortie :
H.264, DV PAL, XDCAM HD422, H.265, WebM, OGV, MJPEG, Xvid, WMV
 Création d’images :
Image
 Gravure et Rip :
DVD, Blu-ray, DVD RIP
 Analyse :
Loudness & True Peak, Normalisation Audio, Détection de coupe, Détection de noir
 Téléchargement :
Vidéo web
Mes fonctions...

Voici une vidéo de présentation en français des différentes fonctions : https://www.youtube.com/watch?time_continue=22&v=AqOAgSwpEWA

HandBrake : autre solution gratuite et opensource mais en anglais, spécialisée dans la conversion vidéo. Disponible pour Windows, Mac et Linux.
La documentation est disponible en deux langues : anglais et allemand.
Un petit tutoriel en français ici : https://www.youtube.com/watch?v=XPssPn4Z5VM

MediaCoder : Outil de conversion gratuit et multilingue (dont le français) très complet mais qui peut demander quelques connaissances techniques pour bien paramétrer ses conversions.
Un petit tutoriel sur l’utilisation du logiciel ICI

Video to video Converter : Autre outil gratuit pour faire le la conversion vidéo avec une interface simplifiée et en français.

MPEG StreamClip : Outil de conversion vidéo disponible pour Mac et Windows, en anglais et sans installation.
Un petit tutoriel ici : https://www.youtube.com/watch?v=ZO9pyRwImnU